原则上两者的法律效力是相同的。

我国《民法典》第六十一条的规定，依照法律或者法人组织章程规定，代表法人行使职权的负责人，是法人的法定代表人。这也就意味着法定代表人只要在法律规定以及法人章程规定的职权范围内，可以直接代表法人对外行使职权，对文件内容进行确认。因此，法定代表人的签字具有代表企业法人的效力，与公章具有同样的法律效力，其行为属于职务行为，视为法人行为，法律后果由企业、单位承担。

不一定会被否决，视招标文件具体规定要求。法律法规规定，当投标文件既没有投标单位签章，又没有法定代表人签字时，此投标文件应当否决。但是如果招标文件要求投标文件既要有投标单位盖章又要有法定代表人签字，否则将被否决投标，则投标文件缺少签名或盖章都将被否决投标。

《招标投标法实施条例》第五十一条规定，有下列情形之一的，评标委员会应当否决其投标：

（一）投标文件未经投标单位盖章和单位负责人签字；

（二）投标联合体没有提交共同投标协议；

（三）投标人不符合国家或者招标文件规定的资格条件；

（四）同一投标人提交两个以上不同的投标文件或者投标报价，但招标文件要求提交备选投标的除外；

（五）投标报价低于成本或者高于招标文件设定的最高投标限价；

（六）投标文件没有对招标文件的实质性要求和条件作出响应；

（七）投标人有串通投标、弄虚作假、行贿等违法行为。

在日常的招标采购业务中，招标文件中经常提到要求投标文件的投标函等内容加盖公章和投标单位法定代表人或授权委托的代理人签字，主要是出于规避风险的考虑，如有人非法使用公章等。

而同时要求公章和法定代表人签名，既能表明该企业自愿参与项目投标，是单位行为，具有投标人主体资格，同时又能表明该单位的该项行为是要通过特定自然人来完成的，由此产生的法律责任要由企业法人来承担。