监管部门对如何看待招标代理服务费从投标保证金扣除产生了争议：

第一种意见认为：招标文件中对招标代理服务费收取时间，收取方式、收取计算方法均作了明确的规定，投标人也在投标文件中承诺同意该规定，双方意思达成一致，招标代理在多次催告未果的情况下采取直接从投标保证金扣款的方式收取招标代理服务费是符合双方约定的。

第二种意见认为：招标代理服务费和投标保证金是两个不同性质的资金，且招标代理机构利用招标时优势地位要求投标人在投标文件中作出的承诺属霸王条约，投标人如果不作出承诺投标文件将被否决，因此投标人在投标文件中作出同意从投标保证金中扣除非投标人真实意思表示。因此直接扣除不合法。

1.投标保证金不得挪用。《招标投标法实施条例》第二十六条第三款规定：“招标人不得挪用投标保证金”。本案例中，招标代理直接从投标保证金中扣除招标代理费，属于变相挪用投标保证金。

2.中标人支付招标代理服务费属第三方代为履行。《合同法》第65条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。”由该条可以得出，所谓第三人代为履行，是指第三人依照合同当事人约定由其向债权人履行债务。第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。合同当事人就此所订合同，通常称为第三人代为履行合同。其法律特征如下：

3.招标代理机构利用优势地位让投标人作出同意代为履行承诺显失公平，中标人可撤销承诺。就本案例而言，尽管名义上第三人即中标人确实作出了愿代为履行的承诺，但该承诺是招标代理机构利用优势地位强制要求投标人作出的承诺，因此中标人可以申请撤销承诺。

4.招标代理服务费允许直接抵扣引发搭车收费情形发生。实践中，招标代理将评标专家的劳务报酬费等其他本应由招标人或招标代理支付的其他费用含在招标代理服务费中一并向中标人收取，部分代理机构以不交钱就不发中标通知书等要挟，拿不到中标通知书就无法签订合同，严重影响采购效率。

5.双方互为到期债务的，可以抵销。《合同法》第九十九条规定：“当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。”根据上述规定，抵销权的行使需要同时具备以下条件：

另外，对于超过诉讼时效期间的债权，不得作为主动债权而主张抵销。就本案例而言，中标人还未与招标人签订合同，因此退还投标保证金的法定时间未到，在未签订中标合同之前，投标保证金的法律性质仍属投标担保，不属于招标人或招标代理对中标人的债务。只有当中标人与招标人签订合同或者投标保证金超投标有效期的，才构成招标人或招标代理机构对中标人的债务。因此在合同未签订之前且属投标有效期内时，招标代理机构直接扣取代理费于法无据。

6.到期债务抵销有异议期。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释(二)》第二十四条规定，“当事人对合同法第九十六条、第九十九条规定的合同解除或者债务抵销虽有异议，但在约定的异议期限届满后才提出异议并向人民法院起诉的，人民法院不予支持；当事人没有约定异议期间，在解除合同或者债务抵销通知到达之日起三个月以后才向人民法院起诉的，人民法院不予支持”。本案例中，招标代理机构在未取得中标人A同意情况下直接扣取招标代理服务费，程序上是有欠缺。

一方面招标代理从投标保证金抵扣招标代理服务费时，招标代理服务费必须是招标文件中已明示的金额或收取标准，中标人与招标代理机构对此不能是有争议，否则不能抵扣；从另一个角度上讲如果招标代理服务费和投标保证金是到期的、确定的且无争议的，是可以抵销的。另一方面对于招标代理机构而言，即使双方互有到期债务，仍应履行债务抵扣通知手续并约定异议期间，更有利于代理服务费收取。