《招标投标法》第三十七条第三款规定，与投标人有利害关系的人不得进入相关项目的评标委员会；已经进入的应当更换。

《招标投标法实施条例》第四十六条第三款规定，评标委员会成员与投标人有利害关系的，应当主动回避。

《招标投标法实施条例释义》对利害关系的解释是，所谓利害关系主要指：一是投标人或者投标人主要负责人的近亲属，包括配偶、父母、子女、兄弟姐妹、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女和其他具有抚养、赡养关系的亲属。二是与投标人有经济利益关系，可能影响对投标公正评审的，其中经济利益关系通常是指3年内曾在参加该招标项目的投标人中任职（包括一般职务）或担任顾问，配偶或直系亲属在参加该招标项目的投标人中任职或担任顾问，与参加该招标项目的投标人发生过法律纠纷，以及其他可能影响公正评标的情况。结合各行业、各地方的有关规定，其他可能影响公正评标的情形主要有：投标人的上级主管、控股或被控股单位的工作人员；评标委员会成员任职单位与投标人单位为同一法定代表人；评标委员会成员持有某投标单位股份等。

本案例中，评标专家黄某所在的B公司是A公司的子公司，且黄某半年前曾在A公司任项目经理，属于与A公司有经济利益关系，可能影响公正评标的情形。依据上述法律法规规定和解释，评标专家黄某应当主动回避，其评审结论无效。所以，招标人的第一种意见错误。

《招标投标法实施条例》第四十八条第三款规定，评标过程中，评标委员会成员有回避事由、擅离职守或者因健康等原因不能继续评标的，应当及时更换。被更换的评标委员会成员作出的评审结论无效，由更换后的评标委员会成员重新进行评审。

《招标投标法实施条例》第七十条第一款规定，依法必须进行招标的项目的招标人不按照规定组建评标委员会，或者确定、更换评标委员会成员违反招标投标法和本条例规定的，……违法确定或者更换的评标委员会成员作出的评审结论无效，依法重新进行评审。

本案例中，评标专家黄某虽有回避事由，但评标工作已经结束，评标委员会已告解散，更换专家已错过时机，因此不能再进行更换。如果招标人另找专家代替黄某重新评标并替换黄某的评审结论，则属于违规更换评标委员会成员，其更换的专家作出的评审结论仍无效。显然，招标人的第二种意见也是错误的。

《招标投标法实施条例》第八十一条规定，依法必须进行招标的项目的招标投标活动违反招标投标法和本条例的规定，对中标结果造成实质性影响，且不能采取补救措施予以纠正的，招标、投标、中标结果无效，应当依法重新招标或者评标。

本案例中，评标专家黄某应当回避而不回避，其评标结论无效，因对中标结果造成了实质性影响，且无法通过更换评标专家重新评标来纠正，因此，本项目应当重新评标。由此可见，招标人的第三种意见正确。