中标人无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交履约保证金的，取消其中标资格，投标保证金不予退还。对依法必须进行招标的项目的中标人，由有关行政监督部门责令改正，可以处中标项目金额10‰以下的罚款。

——《招标投标法实施条例》第七十四条

依法必须进行招标的项目违反本法规定，中标无效的，应当依照本法规定的中标条件从其余投标人中重新确定中标人或者依照本法重新进行招标。

——《招标投标法》第六十四条

因此，在招标文件明确约定中标人须提交履约保证金的前提下，招标人可以取消该中标人的中标资格，且其投标保证金不予退还；此外，在本项目仍处在投标有效期内且原排名第二的中标候选人已经过公示的前提下，招标人可以直接确定原排名第二的中标候选人为中标人。

投标保证金与招标代理服务费属于不同的法律关系，应当分别处理。原中标人被取消中标资格后，其投标保证金可以不予退还，且招标代理机构应当将扣留的投标保证金汇入招标人账户，否则构成不当得利。此外，如果招标文件约定招标代理服务费由中标人支付，则原中标人被取消中标资格后，招标代理服务费应当由重新确定的中标人，即原排名第二的中标候选人支付。