公司A与公司B签订的《合同协议书》，是否有效？

-招标程序不规范-

《中华人民共和国招标投标法》第三十七条规定，评标由招标人依法组建的评标委员会负责。依法必须进行招标的项目，其评标委员会由招标人的代表和有关技术、经济等方面的专家组成，成员人数为五人以上单数，其中技术、经济等方面的专家不得少于成员总数的三分之二。前款专家应当从事相关领域工作满八年并具有高级职称或者具有同等专业水平，由招标人从国务院有关部门或者省、自治区、直辖市人民政府有关部门提供的专家名册或者招标代理机构的专家库内的相关专业的专家名单中确定；一般招标项目可以采取随机抽取方式，特殊招标项目可以由招标人直接确定。本案所涉工程项目依法属于必须进行招标的项目，而7月3日该项目进行招标活动并没有邀请行政主管部门人员参加，参加投标报价的评委均为公司B工作人员，未从评标委员会专家库中提选专家评委，招标程序不规范。

-投标文件实质性变更-

《中华人民共和国招标投标法》第四十三条规定，在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。第五十九条规定，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。中标通知书对公司A投标文件的价格和工期均作出了实质性变更，违反了相关法律规定，认定《合同协议书》无效。