1.供应商能在评标结果发布之后，再对招标文件提出质疑吗？

2.采购代理机构接受质疑并据此废标的做法是否合规？

3.超出质疑时效的“问题”采购文件，应该怎么处理？

首先，根据《中华人民共和国政府采购法》第五十二条规定，供应商可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。此处的“可以”，旨在说明提出质疑为供应商的一项可选权利，非强制性义务，同时，“七个工作日内”界定了明确提出质疑的时间范围。

其次《政府采购质疑和投诉办法》（财政部94号令）第十一条对质疑提出的具体时限做了进一步明确规定，即“对采购文件提出质疑的，应当在获取采购文件或者采购文件公告期限届满之日起7个工作日内提出”。此处的“应当”，强调了供应商在此期限内提出质疑的必要性，明确了质疑的时效性要求。

本案中，招标文件获取时间为5月16日至5月24日，若供应商Y公司于5月24日获取文件，则质疑截止日应为6月2日（假设无节假日）。然而，Y公司实际于6月5日（开标当日）提出质疑，已明显超出法定期限。作为供应商，应当充分重视质疑时效的法律约束，在参与采购活动时需第一时间审阅文件，若认为采购文件存在歧义或损害自身权益，应在获取采购文件或公告期限届满后7个工作日内提出质疑，避免因超期导致权利丧失。

94号令第十三条规定“采购人、采购代理机构不得拒收质疑供应商在法定质疑期内发出的质疑函，应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复”，上述条款的字面含义进一步延伸理解，即意味着若供应商的质疑函未能在法定质疑期内发出，采购人及采购代理机构则有权选择不予接收。

此外，参照行政诉讼起诉期限的相关规定，一旦超过法定的起诉期限，原告将失去通过诉讼途径寻求法律保护的权利。这一规定旨在敦促当事人及时行使自身权利，从而在行政效率与司法公正之间达成合理平衡。对于超出行政诉讼最长起诉期限的案件，人民法院将依法不予受理。94号令第二十一条也有类似规定，针对不在投诉有效期限内提起的投诉，财政部门应当在3个工作日内书面告知投诉人不予受理。

本案中，质疑的提出已远超过法定的7个工作日时限，对于超出法定质疑期限的质疑函，采购人、采购代理机构有权拒收或不予受理。其次，代理机构在接受质疑后，直接发布废标公告的做法缺乏法律依据。废标通常基于采购文件存在重大缺陷、采购活动受到非法干预等特定情形，并需遵循严格的法律程序。本案中，代理机构未对质疑内容进行详细审查，也未与采购人、相关供应商进行沟通或听证，即直接决定废标，这不符合政府采购法律法规关于废标的规定。

综上所述，对于超过法定质疑期限的质疑函，采购人、采购人代理机构有权拒收，并书面告知质疑供应商不予受理的理由和法律依据。若采购文件确实存在歧义或重大缺陷，且该缺陷可能影响采购活动的公正性，代理机构应建议采购人依据相关法律法规修改采购文件后重新开展采购活动。但这一决定应基于充分的调查和论证。因此，本案中代理机构的做法不合理，其未遵循政府采购法律法规关于质疑处理和废标的规定，应依法予以纠正。

在探讨“问题”采购文件时，特指那些内容违反国家法律法规及相关强制性规定，尤其是涉及政府采购法律法规明确禁止的“以不合理条件对供应商实施差别待遇或歧视待遇”等不当情形。

针对此类问题，即便供应商发现问题时已超出采购文件质疑的法定时效（或未取得通过购买/下载采购文件而获得的“参与”资格），其仍可通过社会（公众）监督途径，向采购人及监督部门反映情况并提出书面举报。尽管此方式非供应商法定的权益维护渠道，但采购人与监督部门仍有责任对举报问题进行深入调查并采取相应措施。

财政部门的监督职能全面覆盖采购活动，无论是日常的随机抽查，还是针对具体线索的专项检查，对于采购人、采购代理机构的违法行为，包括以采购文件形式出现的“不合理差别待遇或歧视待遇”问题。依据相关规定，财政部门可对查实的违法行为作出相应处理决定，确保政府采购活动的公平、公正与透明。

上述案件中，虽然供应商对采购文件提出的质疑已超出质疑期限，但在招标文件中确实存在歧义和重大缺陷内容，影响到采购活动的公正性。根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第七十一条、《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第二十五条之规定，采购人或采购代理机构应当修改招标文件重新开展政府采购活动。