根据《招标投标法实施条例》第五十七条规定，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款，属于中标合同的实质性内容。为维护国家、集体、第三人合法权益，招标人和中标人不得另行签订协议予以变更。

履约保证金的提交期限变更，不损害国家、集体、第三人的合法权益，不影响招标投标的公平公正，因此不属于中标合同的实质性内容。根据《民法典》第五百四十三条规定，当事人协商一致，可以变更履约保证金的提交期限。

B公司虽然没有在招标文件及中标通知书要求的时限内，向市住建局提交约保证金，亦未与市住建局签订合同，但就逾期提供保函，B公司于11月30日向市住建局递交了《承诺函》，承诺将于12月8日17:30前提交约保函，该《承诺函》送达市住建局后，市住建局未作出明确意思表示，同意或拒绝B公司逾期提供保函。12月8日，市住建局接收了B公司按照上述《承诺函》载明时限提交的银行保函。

市住建局在收到B公司的《承诺函》后未予明确表态的默示行为，虽然不能单独作为认定其同意B公司逾期提交股约保证金的事实依据，但结合其事后实际接收了B公司按照《承诺函》载明期限内提交的银行保函的行为，应当认为，市住建局对B公司逾期提交履约保证金的行为予以接受，双方当事人以实际行为变更了原合同约定的履约保证金提交期限的约定。

根据招标投标文件的约定，双方当事人应在中标人提交履约保证金后签订建设施工合同，故在双方未作出相反意思表示的情况下，履约保证金提交期限顺延后签约期限应作相应合理顺延。在市住建局以默示表示同意变更履约保证金的提交期限，并实际接受了B公司逾期提交的履约保证金的情况下，招标投标文件约定的招标人取消中标人的中标资格条件尚未成立。市住建局取消B公司中标资格，违反了双方的合同约定，应承担相应的违约责任。

根据《招标投标法实施条例》第七十四条规定，中标人无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交约保证金的，取消其中标资格，投标保证金不予退还。本案例中，由于双方以实际履行行为表明对B公司延期提供履约保证金达成了合意，故不应认为B公司无正当理由未按要求提交履约保证金、拒签合同协议书，市住建局违法取消B公司中标资格后，应将B公司缴纳的投标保证金予以退还（参考判例：最高人民法院[（2014）民一终字第155号]）。